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[数据库]R(二): http与R脚本通讯环境安装


      结合实际的工作环境,在开始R研究的时候,首先着手收集的就是能以Web方式发布R运行结果的基础框架,无耐的是,R一直以来常使用于个人电脑的客户端程序上,大家习惯性的下载R安装包,在自己的电脑上安装 --> 写算法 --> 运行 --> 以贴图或者文档的形式发表自己的作品。幸运的最终找着了一套这样的框架FastRWeb (Fast Interactive Web Framework for Data Mining Using R),参考 (http://www.rforge.net/FastRWeb/),FastRWeb 是一个基础架构环境, 可以让R脚本运行在任何WebServer上,展示数据和图形,用户通过URL地址与R脚本进行通信交互。

目录:

  • 运行架构原理
  • R3.2.5 安装 (centos7)
  • RStudio安装配置 (centos7)
  • FastRWeb安装配置 (centos7)
  • 开发demo: hello world

运行架构原理:


  1. Clinet向主机的Rserve服务发送http请求
  2. Rserve调用FastRWeb环境,执行R脚本
  3. 将执行结果返回
  4. 在实际工作中,不可避免会遇到一种情况,R脚本执行的结果保存在主机的物理磁盘上,为了让client 通过 http 能访问生成的文件,可以将文件存储在 httpd 服务对应的 html 目录下,R返回给Client 的可能是文件名,client 获取到R返回的文件名后,再次发起 http 请求,访问存储在 httpd 服务站点文件。
  5. 注意:此场景下,client 发起的两次请求实际上是调用主机的不同服务(即,Rserve服务和 httpd 服务, 所以要注意请求中不同服务的监听端口)

Centos7 R3.2.5软件包安装:


  • centos 系统软件包下载地址 (https://cran.r-project.org/src/base/R-3/), 截止当前,最新版本3.3.1,  我们选择安装的版本为:3.2.5
  • 安装R软件依赖程序包,命令清单如下:
    yum install -y gccyum install -y gcc-c++yum install -y gcc-gfortranyum install -y readline-develyum install -y libXt-develyum install –y libcur*yum install –y lib

  • 将下载到本机的R安装包软件上传文件至linux主机的某目录下, 执行解压命令:tar -zxvf R-3.2.5.tar.gz

  • 命令:cd R-3.2.5  (切换至解压后的目录)
  • 命令:mkdir -p /home/work/R 
  • 命令:./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib  (设置R的工作目录)
  • 完成配置后界面如下显示,则OK
    R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu Source directory:     . Installation directory:  /home/work/R C compiler:        gcc -std=gnu99 -g -O2 Fortran 77 compiler:    gfortran -g -O2 C++ compiler:       g++ -g -O2 C++ 11 compiler:      g++ -std=c++11 -g -O2 Fortran 90/95 compiler:  gfortran -g -O2 Obj-C compiler:      Interfaces supported:   X11 External libraries:    readline Additional capabilities:  NLS Options enabled:      shared R library, shared BLAS, R profiling Capabilities skipped:   PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU Options not enabled:    memory profiling Recommended packages:   yesconfigure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manualsconfigure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manualsconfigure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages[root@R R-3.2.5]#

  • 开始编译安装
  • 命令:make
  • 命令:make install
  • 命令:vim ~/.bash_profile   (配置环境变量,在打开的文件中加入下面一行代码,此处的R路径为上面安装时的–prefix=/home/work/R)
    PATH=/home/work/R/bin:$PATH

  • 命令:source ~/.bash_profile   (使修改生效)
  • 完成操作后执行: R   (能正常进入R命令行,则ok,如下图 )

RStudio 安装配置:


  • RStudio是一个非常实用的R语言的IDE,其服务器端软件,可以将其构建在Linux服务器上,然后通过远程网页登陆访问,使得R语言的使用获得了极大的方便,也看成是一个小小的云服务,官网(https://www.rstudio.com/home/),如下图:RStudio Server 提供免费和商业授权版本
  • 下载Centos 系统对应的软件安装包 (rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm),上传至主机
  • 命令: yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm  (软件安装)
  • 命令: echo 'rsession-which-r=/home/work/R/bin/R' >> /etc/rstudio/rserver.conf   (结合上下文看此参数配置)
  • RStudio 服务相关参考命令清单如下(仅作参考资料,在此步不用执行):
    systemctl status rstudio-serversystemctl start rstudio-serversystemctl stop rstudio-serversystemctl restart rstudio-server

  • 执行下面的命令清单,给RStudio添加操作用户和权限

    adduser rstudiopasswd rstudiousermod -g rstudio-server rstudio

  •  命令:systemctl start rstudio-server  (启动rstudio-server 服务,默认监听端口 8787)

  • 如果一切OK,通过浏览器就可以正常访问,如下:

FastRWeb安装:


  • FastRWeb 可以快速地构建一个R的Web环境,FastRWeb 底层依赖于CGI程序,也就是说,只要能支持CGI程序的WebServer,就可以运行FastRWeb
  • 命令: yum install -y cairo-devel    (安装FastRWeb依赖包Cairo)
  • 命令:R    (进入R命令行,FastRWeb 和 Rserve 安装包都是在R命令行下在线安装)

  • R命令: install.packages("FastRWeb")    (此过程中选择安装镜像,centos7环境,选择 22 http mirrors,  http cran mirrors 选择 21 (中国厦门))
  • 安装成功后如下图:
    g++ Rconnection.o Rcgi.o -o Rcgi -lcrypt make[1]: Leaving directory `/tmp/RtmpdpC13f/R.INSTALL53b568210efe/FastRWeb/src/Rcgi'rm -rf ../inst/Rcgicp -r Rcgi ../instmkdir ../inst/cgi-bintouch null.so null.dll # to make R CMD SHLIB happyinstalling to /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb/libs** R** inst** preparing package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** testing if installed package can be loaded* DONE (FastRWeb)The downloaded source packages are in  ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’Updating HTML index of packages in '.Library'Making 'packages.html' ... done> 

  • R命令:install.packages("Rserve")

  • 安装成功后界面如下图:
    ./mergefat Rserve "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve"./mergefat Rserve.dbg "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve.dbg"installing via 'install.libs.R' to /home/work/R/lib64/R/library/Rserve** R** inst** preparing package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** testing if installed package can be loaded* DONE (Rserve)The downloaded source packages are in  ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’Updating HTML index of packages in '.Library'Making 'packages.html' ... done> 

  •  R命令: q()      (退出R命令行,返回linux命令行)


  • 创建FastRWeb基于Rserve的运行环境(切换至FastRWeb安装目录, 先查一下安装的目录,然后切换至该目录)
  • 命令: find / -name FastRWeb   (查 FastRWeb 安装目录,如下图)
  • 命令:cd /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb     (切换至安装目录)
  • 命令:./install.sh   (安装基于Rserve的运行环境,生成 /var/FastRWeb 目录)
  • 命令:cd /var/FastRWeb/code  
  • 命令:ls -la    (查看文件内容)
    1. rserve.conf: Rserve的启动参数
    2. rserve.R:    Rserve的启动脚本
    3. start:         启动命令
  • 命令:vim  rserve.conf   (默认情况下,rserve是提供socket通信接口,我们要将它改成http的通信接口,代码如下)
    http.port 8888remote enablesource /var/FastRWeb/code/rserve.Rcontrol enable

  • 修改文件:rserve.R, 在文件上的最上面增加2行代码,如下

    library(FastRWeb).http.request <- FastRWeb:::.http.request

  •  命令:  ./start   (开启服务,注意:必须切换至 /var/FastRWeb/code 目录下执行)

  • 可通过 ps -aux|grep Rserve   和  netstat -nltp|grep Rserve  查看服务状态,如图:
  • 要停止服务,可通过 kill 进程,如上图的进程号,执行命令: kill -9 53652
  • 安装完成后,通过浏览器能正常访问则OK, 默认监听端口 8888 (http://192.168.0.103:8888/info),  如下图

开发Demo: hello world


  • 在Rstudio IDE 编写如下代码保存,命名为Demo.R, 你可以使用本地Windows环境下的 rstudio ide ,也可使用浏览器上的IDE 环境
    run <- function(...){  oprint("hello world") done()}

  •  如果是本地环境开发的,将保存的Demo.R 文件上传至 /var/FastRWeb/web.R 目录下

  • 在浏览器执行: http://192.168.0.103:8888/Demo, 结果如下图则OK